发生枪击的当天，国民党还表示，这对选情没有什么影响，请大家明天一定要去投票。只是三一九晚上，站在蓝营一方的无党籍立委陈文茜出来讲，枪击事件是陈水扁“自编自演的苦肉计”。这番话使许多中间选民产生反感，原先在投票前一直没决定投给谁的这些中间选民，很多人于是决定将票投给扁。陈文苣给连宋帮了很大的倒忙，她因此也得了“主席的杀手”的外号。
指责扁政府“拖延调查，掩盖真相”，这有背事责。事件一发生之后，警方和情治单位就全力投入调查，呼吁民众积极提供线索和当时自拍的相片及录影带，帮助警方逐一过滤当时在场的每一个人。扁政府公开了扁吕接受治疗的照片和录影带以及有关的文件资料；总统的侍卫们和奇美医院的医护人员也都公开了当时的所见所闻。医护人员并愿意接受测谎，医院也悬红一千万元给据蓝营说的一位不透露姓名的医护人员，这位医护人员说院方伪造扁吕的病历，院方请他（她）站出来指证并领取奖金。但是，不论是医生护士说的、检察官说的、总统警卫说的，甚至自己的监票员说的，蓝营一概不相信。其实，陈水扁根本没有这么大的本事把所有的人都买通，这些人里面亲国民党的人士（有些就是国民党员）多的是，有料早就爆出来了。
现在的情况是，在没有确实证据的情况下，一方不断编织罪名，然后要对方证明自己清白。
蓝营要求扁政府请美国专家来调查。美国派来了三名很著名的刑事侦查专家，其中知名度最高的是韦切特，他从事法医工作四十多年，特别是对有“二十世纪最大悬案”之称的美国总统甘乃迪遇害案，进行了长达三十年的深入追查，向美国国会提出的特别报告，推翻了美国政府原先的调查报告，指出凶手有二个人而不是奥斯华特（在狱中被人枪杀）一个人，并且是开了四枪而不是一枪。
美国专家查阅了有关资料和现场后，已确认扁吕身上是受枪击的新伤口，并认为台湾检警单位对该案的资料保留得相当完整，台湾政府的态度也是透明而合作的，不像当年调查甘乃迪遇刺案时，美国政府一直有所隐瞒。
至于对枪击事件后启动国安机制的质疑和指控，只要枪击事件是真的，追究启动国安系统就毫无意思，因为当总统遭到行刺这么严重的事件发生还不启动国安机制，那台湾安全机制的反应真是太糟了，有关的首长也都犯了极大的过失。蓝营这样持续没真正证据的抗争，到头来很可能引来蓝营的分裂和支持度的进一步下降。
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