發生槍擊的當天，國民黨還表示，這對選情沒有什麼影響，請大家明天一定要去投票。只是三一九晚上，站在藍營一方的無黨籍立委陳文茜出來講，槍擊事件是陳水扁「自編自演的苦肉計」。這番話使許多中間選民產生反感，原先在投票前一直沒決定投給誰的這些中間選民，很多人於是決定將票投給扁。陳文苣給連宋幫了很大的倒忙，她因此也得了「主席的殺手」的外號。
指責扁政府「拖延調查，掩蓋真相」，這有背事責。事件一發生之後，警方和情治單位就全力投入調查，呼籲民衆積極提供線索和當時自拍的相片及錄影帶，幫助警方逐一過濾當時在場的每一個人。扁政府公開了扁呂接受治療的照片和錄影帶以及有關的文件資料；總統的侍衛們和奇美醫院的醫護人員也都公開了當時的所見所聞。醫護人員並願意接受測謊，醫院也懸紅一千萬元給據藍營說的一位不透露姓名的醫護人員，這位醫護人員說院方僞造扁呂的病歷，院方請他（她）站出來指證並領取獎金。但是，不論是醫生護士說的、檢察官說的、總統警衛說的，甚至自己的監票員說的，藍營一概不相信。其實，陳水扁根本沒有這麼大的本事把所有的人都買通，這些人裏面親國民黨的人士（有些就是國民黨員）多的是，有料早就爆出來了。
現在的情況是，在沒有確實證據的情況下，一方不斷編織罪名，然後要對方證明自己清白。
藍營要求扁政府請美國專家來調查。美國派來了三名很著名的刑事偵查專家，其中知名度最高的是韋切特，他從事法醫工作四十多年，特別是對有「二十世紀最大懸案」之稱的美國總統甘乃迪遇害案，進行了長達三十年的深入追查，向美國國會提出的特別報告，推翻了美國政府原先的調查報告，指出兇手有二個人而不是奧斯華特（在獄中被人槍殺）一個人，並且是開了四槍而不是一槍。
美國專家查閱了有關資料和現場後，已確認扁呂身上是受槍擊的新傷口，並認爲臺灣檢警單位對該案的資料保留得相當完整，臺灣政府的態度也是透明而合作的，不像當年調查甘乃迪遇刺案時，美國政府一直有所隱瞞。
至於對槍擊事件後啓動國安機制的質疑和指控，只要槍擊事件是真的，追究啓動國安系統就毫無意思，因爲當總統遭到行刺這麼嚴重的事件發生還不啓動國安機制，那臺灣安全機制的反應真是太糟了，有關的首長也都犯了極大的過失。藍營這樣持續沒真正證據的抗爭，到頭來很可能引來藍營的分裂和支持度的進一步下降。
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