郑有军冲进店内后，即手持一把利刀抵住黄菊华的背，告诉她自己身上绑有炸弹，逼其打一一○报警电话，并声称自己受到迫害，有很多冤情，要求当局解决。他并威胁说，如不满足其要求，将引爆炸弹同归于尽。西客站的值班警察发现郑有军身绑炸弹，一手持刀，一手握引信，也不敢贸然采取行动。

凌晨一时十五分，北京铁路公安局刑侦大队一百多名刑警赶到后，立即包围现场，北京市公安局急调防暴支队增援，武警北京总队亦派出特警狙击手到现场待命。警方先将火车站东西出口封锁，并疏散所有在候车大厅里和西客站周围的群众。当局出动了二十五部警车，六部救护车，以及八部消防车在现场戒备。北京市市委副书记、市公安局长强卫亲赴现场指挥。

虽然警方不断以扩音器劝喻挟持人质的郑有军投降，但郑依然情绪激动，并不时作出要引爆炸弹的动作，令警方心惊。警方一度考虑使用特警神枪手将其击毙，但警方高层认为万一被其引爆炸弹，后果不堪设想，为慎重起见，警方决定继续与其周旋。

直至13日上午七时许，警方派出二男一女谈判专家到场与郑有军对话，其中主谈的女谈判专家非常诚恳地劝郑有军，有什么冤情尽管说，北京警方会帮其投诉，并耐心听其申诉，同时要求郑有军和人质一起步出店外商谈，并称政府会派人来听取他的投诉。郑有军果然押□人质出来，在西客站北出口继续与警方对峙。女谈判专家又介绍两名特警乔扮的政府官员接近了郑有军。

上午九时三十分左右，郑有军因疲惫及谈话较多，渐渐分神，女谈判专家在分散郑有军注意力后，乘其不备，突然拉开人质黄菊华，此时两名特警迅速扑上去将郑有军压在地上，反剪双手。警方炸弹专家也立刻上前拆除其身上的炸弹。两名特警在扭打过程中被郑有军用刀刺伤，郑有军本人亦受轻伤。目前，此案仍在进一步侦办中。

观察家认为，声称自己受到迫害，有很多冤情，要求当局解决的郑有军被称作歹徒还为时过早，如果不到实在活不下去的时候，谁都会珍惜自己的生命。他劫持人质的手法固然不可取，可是从近日媒体报导的“越级上访”就是犯罪看来，从中共“严打”把不该杀的杀掉看来，中共没有任何法律约束，它就是法，这就造成中共的各层土皇帝不允许百姓伸冤，百姓实际上成了共产奴隶。制服了一个郑有军，中共治下还有十三亿，怎么办？！