近年因實行糧棉購銷體制改革（實際上是恢復計劃經濟的統購統銷）遭到經濟學家杜潤生和吳敬璉的反對，又罵杜、吳「不懂農業!」杜潤生被罵後閉口不語而吳敬璉回答「你說我不懂農業還可以，說杜老不懂農業，那中國還有誰懂農業?」當前朱鎔基的糧棉購銷體制改革已經破產。

中央電視臺對豐收之後，棉花賣不出去，棉農遭受損失已公開進行批評，而私人購糧棉，已悄然在市場裏復興，在這種情況下也沒有聽到朱鎔基的一字自我批評。

加入WTO，朱鎔基領導下的國務院又轟轟烈烈開始壯大，成立了九個行業委員會，名義上是與國際接軌，實行行業領導，實際行使的是政府職能。朱總理任上還有一年多，還記著他就職演說的人，都願意他青史留名，而不是留下更多的決策失誤。