然而，正如武漢大學前校長、教育家劉道玉在給清華的公開信中所說，清華百年校慶沒有擺脫「大造輿論，邀請名人捧場，極盡評功擺好之能事」的窠臼，缺乏正籌備150週年校慶的美國麻省理工學院的反思環節。

《蘋果日報》消息說，清華最引以爲傲的是作爲中共高官的搖籃，令中共政壇有「大清帝國北大荒」之說。但再多的高官、再多的高材生、再多的知名學者，也抹不去清華在文化大革命中百日武鬥的恥辱一幕。

清華是文革的風暴中心之一，井岡山兵團、百日武鬥、五大造反派領袖之一的蒯大富，都是那個年代的經典。但官方在慶祝清華百年校慶時，似乎忘記了 1911年清華學堂的第一任監督（校長）周自齊，更忘記了周自齊的夫人王喜順在文革時被紅衛兵打死、再用菜刀砍下頭顱，甚至於在官方、民間有關清華文革非正常死亡的紀錄中，也不見有周夫人之名。

周自齊的後人周傳基前日在微博重提這段慘劇時，有網民回應稱，清華的紅衛兵砍掉周夫人的頭是清華的恥辱。

文革時清華紅衛兵批鬥「資產階級反動學術權威」的真實場面。