有分析指出，今年選舉出現了33萬多張廢票;選民投廢票有很多可能原因，但其中不少都是因爲不欲兩位泛藍正副總統候選人卡住位置，令中生代無法在下屆參選。

分析家指出，只要對比一下泛藍在4年前的總統選舉和這次總統選舉的廢票率，就可部份發現支持馬英九的人不一定支持連宋不斷參選，而且拒絕承諾「只做一屆」。2000年前臺北市民在總統選舉中共投了12449張廢票，佔全部票數的0.78%，2004年臺北市卻有30789張廢票，佔該市總票數的1.9%；換言之，今年不論是投廢票的人或是廢票率，都比四年前激增了一倍有多。

這些廢票代表了甚麼政治意涵，仍是有待專家作出更精確的分析，但據記者接觸到一些臺灣選民指出，他們雖然理念上和「泛藍」較爲接近，但卻害怕今年8月滿68歲的連戰以及今年3月剛過了62歲生日的宋楚瑜會卡住馬英九，令馬英九無法在2008年代表泛藍參選總統。

雖然部份中間選民有此質疑，甚至泛藍內部也有「只做一屆」的呼聲，但連宋二人似是並不甘於只做一屆。國民黨籍立委曾蔡美佐就曾經表示，她3月1日在與地方人士座談時，就談到連宋「只做一屆」的構想。據國民黨高雄市立委羅世雄指出，對於「連宋只選一屆」的建議訴求，由於擔心這項主張會提前引爆藍營內部的權力矛盾，連戰等決策階層已下令選前不得再議論此事，甚至還說出重話，指若有人再提這項主張，就請他離開國親團隊。

有分析認爲，四年前連宋共得到126萬4528票，這次在臺北投給連宋的卻只有89萬7870票，在這流失的366658票中，部份是和連宋拒絕承諾「只做一屆」有關。由於這次選舉藍綠雙方總差距只是29518票，「英九情結」實際上成爲這次選舉勝負的其中一個關鍵。

據指出，除了年齡較大問題外，連戰過往任臺灣行政院長時的表現受批評，1997年他更因爲臺灣社會治安惡化而被逼引咎辭職。因此不少在兩年前曾投票給臺北市市長馬英九的選民，這次反而投了棄權票。至於宋楚瑜，外間對於他曾任蔣經國祕書，但卻反過來幫助臺灣省籍的李登輝肅清當年國民黨內的外省籍「非主流派」感到不滿；另外，興票案一役，也令外界對他的誠信起了懷疑。

事實上，民進黨也是看準了這點採取了離間戰略，陳水扁去年12月初7日曾說：「當年我和馬市長一起競爭臺北市長，但選輸了，可是這樣我才能選總統、做總統」。「讓我有機會在2004年連任，這樣2008年馬英九就會有機會，對不對？」他此話一落，臺下掌聲四起，反而是站在陳水扁身旁的馬英九一臉尷尬。陳水扁話畢，馬英九隨即消毒，對媒體表示，「我要嚴正的說清楚，我不是阿扁的助選員！」

有分析認爲，連宋在臺北市得票較四年前減少，馬英九有輔選不力之嫌；但據知情者指出，馬英九被安排在臺灣各地輔選，到最後一天才回到臺北；所以若論輔選不力，其實也不應算到馬英九頭上。再者，雖然得票率下降了大約4%，這次選舉泛藍的票數比馬本人兩年前選市長時已有增加，在2002年12月舉行的臺北市市長選舉，馬英九獲得87萬1997票，這次總統選舉，連宋在臺北市得到89萬7870票。