今年是三峽大壩主體工程竣工一週年，大壩上游640公里的長江水域已經成爲一個大水庫。有地質學家稱，三峽大壩攔截水量產生的龐大重力已經開始在好幾個地點侵蝕長江陡峭的河岸。再加上水位波動頻繁，因而引發了一系列的滑坡災害。
法國國際廣播電臺消息說，問題最早於2003年6月出現，在三峽大壩下閘蓄水兩週以後，當大壩水位突破90米向135米逼近時，峽谷的邊坡在水壓的作用下開始被侵蝕。
在距離三峽大壩上游16公里的一個叫廟河的村莊，世代種植柑橘和梯田水稻，廟村的地質結構因爲這樣的原因而遭到破壞。今年春天，村民們發現有一條長200米寬1釐米的裂縫橫貫稻田。而不久之後，大壩開始放水爲夏季汛期作準備。
到了5月初，雨季來臨使水庫水位再次上升，距離廟河村不遠處，5天內發生了4次坍塌。當地村民說聽到了房屋的木質結構由於地面移動而開裂的聲音。政府也要求他們疏散。廟河村的官員擔心，一旦整個山坡塌入水中，附近的居民將因此喪命，同時還會威脅到至關重要的長江水道運輸。
今年的7月14日，一條長江支流發生特大泥石流災害，一塊長、寬均在1公里左右，而厚度爲18米的山體落入江中，13名農民被吞沒在泥石流中，而落入江中的石塊激起兩層樓高的大浪，摧毀了20餘艘船舶，並導致11名漁民喪生。雖然官方稱這次災害乃暴雨所致，但地質學家稱，是江水水位突然變化導致了河岸岩石鬆動。
專家們還認爲水庫水位的波動是今年湖南奇特鼠災的根源。
除此之外，三峽大壩阻擋了淤泥流向下游，使包括上海地區在內的長江入海口收縮，海洋的鹹水正在倒灌入內陸。世界野生動物協會今年春季公佈的一份報告稱，通過三峽大壩的水流速度目前正在加快，對下游的防洪大堤造成破壞。未經處理的污水和化肥殘留物被不斷排入大壩水庫，導致巨型水藻生長氾濫，並威脅到下游的水供應。
由於中國面臨日益嚴重的缺水問題，長江環境變化帶來的問題正使得局勢變得更緊迫。據世界野生動物協會的報告稱，長江流域的污水排放量激增，2000至2005年間增長了一倍以上。而在這一地區生活着1.6億人，其中包括位於三峽大壩上游640公里處全球的最大都市──重慶的3,000萬人。在1995至2005年間，長江流域的經濟年均增長率爲12.6%，超過中平均水平，該地區正迅速從農業經濟向重工業經濟轉型。
科學家和政府官員聲稱，該地區有許多污水處理廠，污水在排入水庫前會先經過處理，但實際上一些污水處理廠並未與城市排污系統相連。三峽工程建設委員會水庫管理部副主任周偉承認，排入三峽水庫的污水正在增加。他表示，政府已投入更多資金確保處理廠能24小時運轉。
三峽大壩是否能履行其調節洪水這項主要的功能也受到質疑。今年7月長江上游地區連續數週大雨，形成了自1998年來最大的一次洪水，98年那場大洪水導致長江中、下游地區數千人喪生，當時三峽大壩尚未建成。8月1日政府宣佈洪峯安全通過三峽大壩，並將長江中、下游地區的安瀾歸功於大壩的防洪功能。
倫敦帝國學院的一個調研小組今年早些時候在《工程地質和水文地質學季刊》上發表文章稱，邊坡失穩是三峽地區最普遍自然災害的成因所在。該學院的地質學家伊歐尼斯·弗尼阿迪斯在觀察過秭歸、巫山和巴東縣的衛星照片後發現，3%的邊坡處於活躍的下滑狀態，7%的邊坡因爲修路等活動而不穩定，另有15%基本穩定。目前中國的新聞媒體已開始對三峽大壩存在的問題進行報導。雖然政府方面一直未對大壩和水庫的問題公開表態，卻已悄悄地制定了一套塌方事故早期預警機制，並支持對劃定高危地區的研究。政府還將投入資金用於建設水處理廠、加固約2,250公里長的江堤。
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