該案判決的依據，僅剩下"非法操縱證券"和"虛報資産"兩項較輕的罪名。"房地産業務與拆遷"中的重頭戲，則被摘除。即便以前兩項罪名論，判決刑期也選擇了最輕的下線。同時，作爲一樁複雜而轟動的大案，周正毅幾乎沒有被"超期羈押"，這在"中國特色"的司法體系中也算得上"罕見"。
據說，中國銀行香港分行行長劉金寶，與周正毅案相牽連，被捕後曾供出大量祕聞，涉及周正毅非法貸款（香港爲此還可能追訴周正毅），和接受劉金寶"饋贈"的大批上海高幹。然而，劉金寶的"檢舉揭發"，並沒有構成"戴罪立功"和"從輕"發落，因爲，對其"坦白交代"，有關方面根本不予"承認"。
周正毅被迅速定案和格外輕判，毫無疑問地，是"上海幫"大力庇護的結果。周正毅與"上海幫"的淵源，可謂家喻戶曉。首先是與江澤民兩個兒子江錦恆、江綿康的關係，如膠似漆，前者爲後者提供滾滾財源，後者爲前者開路護航；其次，與上海市各級幹部的關係，堪稱"路路通"，上至已經升任政治局常委、政治局委員的大人物，下至市委市政府要員，以至各局處級官員。在上海灘，誰都知道，周正毅是個"通了天的"人物。
面對社會上的議論紛紛，上海市委書記陳良宇公開站出來爲周正毅辯護和開脫，稱：根據目前調查，周正毅的罪名有兩條：一條是虛報註冊資金，另一條是操縱證券價格。沒有發現該案與房地産有關的犯罪證據。陳良宇的說詞，不僅"不打自招"地暴露了其對周正毅的公然庇護，而且馬上拆穿了中共所謂"司法獨立"的假面具。其一，周正毅在上海的主要業務就是房地産，即便以"常在河邊站，哪有不溼鞋"的最低標準來看，也不可能沒有問題，況且還有衆多拆遷戶的血淚控訴；其二，作爲市委書記，沒有理由過問和干涉司法部門的辦案，向公衆說明具體案件，更完全是司法部門的職能。陳良宇越俎代庖，動機可疑。
陳良宇還話鋒一轉，聲色俱厲道：從1989年以來，國外的敵對勢力從未停止對上海的造謠中傷。以2003年爲例，境外一些媒體先後對上海的SARS問題、地鐵四號線事故、特別是周正毅案件，作了大量不實報道…… 陳良宇上綱上線，一下子將問題上升到政治高度，充分反映其心虛膽怯！只能說明，周正毅案，直接關係到"上海幫"的政治生命。稍一不慎，可能全軍覆沒。
周正毅案，明顯是胡溫新班子與江系舊官僚的過招與鬥法。胡溫試圖藉此案撬動"上海幫"龐大黑幕的冰山一角；周正毅最終獲輕判，證明江澤民一系仍然佔據上風；或者說，這是新舊兩大勢力，在誰也吃不掉誰的情況下，被迫達成的折衷與妥協。
周正毅的輕判，與其他腐敗案形成鮮明對照，牟其中被判無期，楊斌被判18年，等等。更不用說，在《南方都市報》誣陷案中，總經理喻華峯僅僅因爲10萬元的栽髒，就被重判12年。這一切，只能證明，當局在"反腐"上持雙重標準。
實際上，以"反腐"爲工具，玩弄權術，搞政治鬥爭，甚至政治陷害，早就是江澤民的一大發明。胡溫以周正毅案爲切口，以毒攻毒，反其道而行之，雖然虎頭蛇尾，卻敲山震虎，足以令"江家軍"或"上海幫"心驚肉跳。
《自由亞洲電臺》〔原題目：周正毅獲輕判 衆怒難平〕