1943年7月，康生在延安掀起了“抢救失足青年运动”。7月15日，担任中共中央审查干部工作主要负责人的康生在延安干部大会上作《抢救失足者》的报告，认为延安“特务如麻”，强调“清除内奸，这是我们目前急不可待的任务”，康生等人接着采用逼供、诱供、劝供以及车轮战术和酷刑拷打的办法，把甘肃、河南、四川、湖南、湖北、贵州、陕西、浙江等省的中共地下党组织，诬陷为国民党派遣特务制造的“红旗党”（即假共产党），把许多党员打成叛徒。特务、内奸，造成了一大批冤案、假案、错案。弄得大家人心惶惶，互不信任，造成了极坏的影响。
1945年6月，康生在中共七届一中全会上当选为中央政治局委员。1946年冬至1948年春，到陇东、晋绥、山东渤海等地参加土地改革工作，采取了许多“左”的做法，使百姓对共产党很仇恨，“给土改工作造成了损失”。
1948年至1949年任中共山东大鲁南区党委书记、中共中央山东分局书记、中共中央华东局副书记。1950年后长期养病。1956年9月，在中共八届一中全会上当选为中央政治局候补委员。1958年任中央文教小组副组长。曾主持编辑《毛泽东选集》第四卷，做一些文化教育方面的工作。1962年9月，在中共八届十中全会上被增选为中央书记处书记。
