十六屆三中全會的準備工作
爲準備十六屆三中全會，中共成立了三中全會籌備領導小組；並部署中央委員和黨政負責人向全會提出意見和建議。籌備小組組長爲胡錦濤，副組長爲曾慶紅、吳官正：組員有：劉雲山、賀國強、曹剛川、吳儀、王剛、華建敏。
九月十五日，中共中央書記處下達通知：今年國慶假日期間，各省、部級黨政負責人、中央委員、候補中央委員，一律不休假，集中學習有關將在三中全會上討論的議題和中央領導的講話。中央將分批安排這些官員上京，進行「工作座談會」，以便消除分歧、統一思想。
政治改革是熱點
全會共收到各省、部、中央委員、候補中央委員以黨組織和個人名義提出的意見和建議共二百七十八份，一千三百多條，其內容集中在政治體制改革，特別是黨政關係即以黨治國還是以法治國的問題．另外，社會矛盾激化，特別是幹部特權和三農危機引發社會不穩，是大家普遍憂慮的問題。
「共產黨是社會發展的最大阻力」
在這些意見中，以省、部黨委名義的大多流於「建議」；以個人名義提出的，則較爲坦率、尖銳，涉及要害，如：「社會主義社會發展進程，最大的阻力是共產黨自身，最大危機是共產黨自身改革」；「政治體制不與時俱進改革，適應國情，又何謂實踐三個代表思想」，「立黨爲公、執政爲民，是檢驗共產黨是合格不合格的人民政黨的唯一標準」；「實踐證明：主義、思想不能凌駕於法治、法制之上，更不能替代法制、法治精神，主義、思想應當有助於和體現法制、法治社會，體現出黨政部門、黨政領導幹部是貫徹、遵守法制、法治的表率，體現出在法律面前人人平等」；「國家危機來自黨的腐敗和無法無天」……
法律是針對人民的管治武器
北京、天津等地區提出：各級黨委、領導幹部的當務之急，是要扭轉「法律、規則是針對廣大人民的管治武器」的習慣思維，要確立：國家的憲法、法律和規則，主要是對執政黨、政府部門執法、守法的監察、限制和約束，保障、維護最廣大人民合法權益和人權、自由的。
胡錦濤、吳官正等常委，都在這條意見上作了批示，並要求領導幹部要理解和接受。胡錦濤的批示是：提出了一個極其重要、極其中肯、切中黨的要害的問題。
十三個方面的意見
中央書記處將這一千三百多條意見，歸納成十三個方面：
一、把三個代表思想列入憲法，是否有必要性、合法性？
二、社會主義社會制度的優越性何在？（據知，有二百多條意見涉及到這一問題．有的省級幹部問李長春，怎麼回答社會上這一提問。李說：理論上你我都能回答；具體的那要考慮一下，現階段，這是一個很棘手的問題。）
三、黨的領導、領導權力和法律法制權力的關係。（用萬里、喬石、李瑞環的話說，這一問題已經爭議、定位，反覆、擱置三代了，這一代應當有條件解決了。）
四、怎樣確立對黨、政府及領導幹部工作、個人行爲進行監督、檢查的機制？
五、黨政領導幹部及配偶、家屬公佈經濟來源和擁有財產機制的實施。（對此，江澤民、吳邦國、曾慶紅等都持反對態度。他們的「理由」是：一公佈就會引起社會大混亂，大家都把精力集中到幹部的財產上，會有文革式的內戰。）
六、關於現行黨政考覈、晉升機制和準則，實際實行上的問題。
七、關於民主黨派人士擔任省部行政正職的限制和合法性。
八、關於實施黨代會行使黨委職權的機制，黨代表、黨委成員由差額選舉產生的機制。
九、關於城市職工工會的自主權，農村農民農會的建立及自主權。
十、關於示威、遊行、集會等公民擁有的合法權利的維護和保障。（據知，今年一至九月，各省市有關團體、組織申請八百四十四次，僅批准了三十二次。）
十一、關於發展快地區要求中央在金融、經濟方面放權，准許獨立制訂有別於其他地區的政策和規定。
十二、關於如何改變、縮小社會貧富收入懸殊、兩極化問題。
十三、關於如何改變社會道德風氣、精神面貌的問題。
《爭鳴》10月刊