朱镕基要求退居二线
争鸣杂志报导，十一月中旬，朱镕基外访返国后，突然向中央政治局常务委员会提交报告：为了更有利于下一届政府交接工作，建议国务院工作由中央政治局决定宣布其他同志来主持。本人主要做好对外工作、落实好社会保障工作。
这是极不寻常的动作。
朱镕基在十月初中央政治局的会议上曾作自我检讨，说：从政治修养、共产党党性、党的组织原则来衡量自己，不能称为是个合格的总理，特别是政治局常委。我在政治上容易出轨，性格、工作上很执著，往往会影响党内的高度一致。
挨江批评后自我检讨
朱镕基的自我检讨是针对挨了江泽民的批评的反应。九月，朱镕基出访欧洲期间，曾向外界公开说．人老了，不会再任总理。当时，国内所有传媒，奉中央书记处的指示，在报道中都删去了这句话。对这一事件，是江泽民开头炮批评朱镕基的。江说：你这样一讲，在国际上造成的影响不小，影响了十六大的战略部署，使其他常委很被动，怎样解释，怎样对外讲呢？地方、中央各部委，都向中央书记处请示：是否对下届政府总理人选已有决定了？中央还未最后商议、定论的大事，怎么能匆匆对外表态呢？中央决定后，还要有个统一口径，怎样向外公开，才对工作、对党的事业有利。这样对外一讲，就被国际上借题发挥，说这又是内斗，又是反复等。不少事情都坏在我们内部政治上不成熟、党性不强，把个人和组织集体的关系没调整好。这样很容易犯大错，把事情搞坏。
江、朱矛盾由来已久
朱镕基和江泽民的矛盾、分歧，由来已久，非始自今日。江、朱矛盾最早公开化，是在九九年四月，朱镕基访美就中国加入世贸和美国谈判，最后关头，由于美国国会的意见而未能达成协议。朱返国后就受到了指责，指朱由于求功心切，把我方能够退让的最后底线交给了对方，打乱了谈判的战略部署，给中国今后加入世贸增加压力、麻烦。当时，江泽民就批评朱镕基沉不住气，政治上不成热，判断力失策，带来了被动。其后朱镕基提出自己承担失责过失，请辞总理、政治局常委。当时，江、朱矛盾、分歧已经初露端倪了。
建议国事访问团内考察不用党职称
去年十二月，朱镕基写信给中央书记处，提出了一项建议，又暴露了江、朱二人的分歧。朱在信中指出：在国内考察工作、会见外国代表团(除外国政党代表团)、出国工作访问、国事访问、或出席国际会议，不适宜把党的职务写上见报。显然这是暗指江泽民总是冠以「中共中央总书记」的头衔。朱又建议：中央部委、地方非党内工作，都不使用党的职务、职称见报、上文件。
对江保贾庆林、贺国强的不同意见
对厦门远华特大走私案的处理，朱镕基曾支持中纪委的意见，认为：远华走私案有五年之久的犯案时间，贾庆林、贺国强在福建任党政一把手，属下多个部门都已卷入、参与走私，滥用职权、徇私舞弊，总不能不对事件承担失职或渎职的过失，况且二人都曾在多占住房上犯了严重错误，不作党内处理，很难向党、向历史交代。
朱镕基、尉健行就贾庆林问题，和江泽民交换意见时，都提出应接受贾庆林因健康理由请辞的要求。对此，朱镕基表示，他本人也承担责任，发现迟，给国家造成了损失。但，江泽民坚持称，打击面不能大，贾庆林再一动，影响就更大了。贾、贺主要还是工作上的问题。江还多次说：对贾庆林要保，十六大还要用。对干部要看大事、看主流、看思想作风。其实一句话，就是看是否是江泽民的人马。
对重用黄菊、曾庆红的分歧
江泽民多次钦点黄菊调入中央书记处任书记，但均被多数人反对而搁置。朱镕基曾向江泽民表示：上海到中央的人太多了，虽不是搞什么帮、什么派，但党内、社会上对此的意见是很集中的。黄菊和徐匡迪闹矛盾，班子团结搞不好，兄弟地区都有看法。黄菊的生活作风问题，党内意见也不小。朱又建议，将黄菊调至四川省任省委书记，考察一个时期再说。后来，由曾庆红向黄菊传达了中央的意见，黄菊表示不愿离开上海，结果徐匡迪被迫辞职。
朱镕基还对江泽民决定由曾庆红主持中央书记处的工作，提出反对意见，指：政治局候补委员竟排在两名政治局常委、四名政治局委员之前，会引起组织混乱的。
至今，中央书记处还是由胡锦涛挂名主持，实际上由丁关根、罗干、曾庆红三人轮流主持。
对「三个代表」有意见高官被江罢免
朱镕基和江泽民的矛盾、分歧还表现在对「三个代表」思想理论上。朱镕基提出：先在党内政治局、中央委员会内，对「三个代表」思想理论要取得基本共识，然后再通过决议，向全党发出号召学习。朱镕基在国务院党组会议上、国务院党组会议上，都说：对「三个代表」思想理论，我也没有学好，也有不理解的地方。正因为不理解、不懂，就要学习，就要提出问题来讨论。要反对教条主义、本本主义，也要反对形式主义。今天，我看形式主义要比教条主义、本本主义严重得多、面也广得多。根据党章，如果不理解、想不过来，或者有另外的观点、见解，是可以保留的。但在工作上、组织上就不能另搞一套，也搞保留。凡是认识问题，不能用批判的方式！更不能采取组织措施、行政方式解决。
朱镕基坚持不同意对吉林、浙江、安徽、天津等省市有关领导因对「三个代表」思想理论持保留立场，就要将其清除出领导班子的立场。朱说．党内要允许有不同意见、不同看法、不同认识，这是党的生命力的体现。
主张李瑞环不能退
朱镕基对于十六大党政最高领导层的人事安排，也提出了观点．本人一定要退。江泽民同志再任总书记有利，如全退有利，我支持。但对有人建议江泽民同志保留中央军委主席一职，这不合适，党指挥枪嘛！新世纪年代和上一世纪的八十年代的政治环境不同。小平同志也讲了，当时有特殊性。当初为什么中央、省都设顾问委员会？李瑞环同志不能退，他不老嘛，要比我年轻六、七年。新届政治局常委班子、政治局班子，上海同志不能过多，要注意反响，对工作、对团结的影响。
朱镕基一向维护江的个人权威
以往外界都凭江、朱二人工作作风等而作揣测性的报道，近年又揣测性地指江、朱结合在一起主宰党政军。其实，这只是表面性的评论。不过，朱镕基在政治局、政治局常委会上，是一向维护江泽民的个人权威的，有不同意见或有个人看法，都不会在会上公开。但，这并没有让江泽民放弃利用政治局常委开会的机会来打击和压制朱镕基、迫其就范。